福建农林大学在福建省属高校中率先开展研究生教育，率先获得国家重点学科、硕博士学位授予权、一级学科博士点、博士后科研流动站，率先获得国家百篇优秀博士论文。据2014年4月学校官网显示，学校共有2个国家重点学科（含培育）、3个部委重点学科，3个省优势学科创新平台（含培育）、9个省特色重点学科、21个省级重点学科；设有博士后科研流动站11个、一级学科博士点11个、一级学科硕士点23个，均居全国省属农林院校第2位。在2012年全国第三轮学科评估中，1个学科进入全国前5名，4个学科（植物保护、林学、林业工程、风景园林学[6-9]     ）进入全国前10名，8个学科进入全国前20名。

博士后科研流动站

园艺学（1998年）、作物学（1999年）、植物保护学（1999年）、林学（2007年）、农林经济管理（2007年）、食品科学与工程（2007年）、生物学（2009年）、林业工程学（2009年）、生态学（2012年）、风景园林学（2012年）、农业资源与环境（2012年）[10-20]            

重点学科

国家级重点学科（1个）：植物病理学

国家级重点（培育）学科（1个）：作物遗传育种

农业部重点学科（2个）：植物病理学、作物遗传育种

国家林业局重点学科（1个）：森林培育[21] 

福建省省级重点学科（21个）：植物保护、作物学、林学、农业资源与环境、园艺学、农林经济管理、林业工程、生物学、食品科学与工程、生态学、风景园林学、畜牧学、兽医学、马克思主义理论、农业工程、公共管理、环境科学与工程、统计学、交通运输工程、机械工程、工商管理

福建省特色重点学科（9个）：林学、园艺学、农林经济管理、林业工程、生物学、生态学、食品科学与工程等