学校传统学科优势在临床医学，为全国第二批次临床医学一级学科博士授权点。改革开放以来，学校已形成新的优势学科，即生物医学工程一级学科，该学科将产、学、研及科技转化有机地结合在一起，拥有原创性的知识产权产品和多项发明专利，并形成产业化，在学科发展壮大的过程中，产生了对学科发展有巨大推动的学术群体和创新团队。学校的学科发展势头良好，口腔医院并入学校后，已获得口腔医学一级学科硕士点。

学校拥有4个国家级重点学科：内科学（传染病）、儿科学、神经病学、临床检验诊断学；特别是儿科学和临床检验诊断学居于国内领先水平。

博士点

一级学科博士点:生物医学工程、临床医学、基础医学、护理学

生物医学工程（可授工学、理学、医学学位）：超声医学、组织工程与细胞工程、生物制药与生物医用材料、生物医学信息技术、物理医学 。

基础医学：病原生物学

临床医学：内科学、儿科学、老年医学、神经病学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、临床检验诊断学、护理学、外科学、妇产科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、康复医学与理疗学、运动医学、麻醉学、急诊医学、全科医学。

药学：药理学

博士后科研工作站：临床医学、生物医学工程、药学、基础医学、护理学

国家重点学科

内科学（传染病） Infection Disease

该学科于1956年由上海医学院著名传染病学专家钱德教授、刘约翰教授、张定凤教授、王其南教授来渝创建。现下设病毒性肝炎研究所、传染病与寄生虫病研究所以及省部共建感染性疾病分子生
物学教育部重点实验室，同时也是《中华肝脏病杂志》承办单位和编辑部所在地。1979年获硕士学位授予权， 1981年获博士学位授予权。1989年被评为首批国家级重点学科，2002年再度入选。

儿科学 Peadiatrics

1956年，上海第一医学院儿科系全迁来渝创建重庆医学院儿科系，成为全国最早建立的四大儿科系之一，是卫生部、联合国儿童基金会在中国最早建立的四大儿童急救中心之一。当年，一批矢志建设西部、发展西部儿科医学事业的开拓者来到这里，他们是：首任院长、第一任《中华儿科杂志》主编陈翠贞教授、中国小儿外科奠基人之一王赞尧教授、全国知名小儿传染病专家石美森院长、消化病专家徐谷教授、肾病专家沈锦教授、新生儿病专家吴仕孝教授、血液病专家张锦教授、儿童保健学专家郑惠连教授、小儿传染病专家陈季方教授等。

临床检验诊断学

该学科是国家级重点学科。1983年经国家教委批准首批设置本科专业
，1986年、1990年先后在全国首批获准临床检验诊断学硕士、博士学位授权，1992年、1999年成为四川省、重庆市的重点学科，2000年被评为重庆市重点实验室，2001年被评为重庆市“十五”期间重点建设的12个重点学科之一，2002年被评为本专业唯一的国家级重点学科，2005年，临床检验诊断学实验室获教育部省部共建重点实验室立项。该学科点的发展代表了中国检验医学高等教育的发展历程。

神经病学 neurology

重庆医科大学神经病学为国家重点学科（2007）。重庆医科大学附属第一医院神经内科是医院的重点、特色学科。该科室始建于1958年，由我国著名神经病学专家傅雅谷、沈鼎烈、徐越和董为伟教授从上海第一医科大学华山医院神经内科来渝创建，经过半个世纪几代人的努力建设，现科室拥有重庆市唯一的神经病学重点实验室及西南地区唯一的神经病学研究所。作为集医疗、教学、科研为一体的专业性科室，我们各方面的条件长期以来都处于国内领先水平，所取得的成绩在国内及西部地区同类学科中均名列前茅。另外，科室还与美国哈佛大学医学院附属麻州总医院、美国Johns Hopkins University医学院、美国Miami University医学院、美国Sunnyvale帕金森病研究所建立了良好的双边学术交流合作关系。至此，该科在西部地区乃至全国都享有盛誉。