庄烈帝即位，王在晋进入朝廷担任兵部尚书，对孙承宗痛恨不已，唆使尚书省一齐诋毁孙承宗，来阻止他出来做官。崇祯二年十月，大清兵进入大安口，攻取遵化，将迫近北京城。朝臣争相请求召回孙承宗。下诏以原官职兼兵部尚书防守通州，仍旧进入朝廷朝见皇帝。

当初，右屯、大凌河二城池，孙承宗已派兵驻守。后来高第来代替他，全部撤走了。大清兵大部队到来，将城重重包围。孙承宗听到后，派遣吴襄、宋伟前往救援。宋伟与吴襄的关系又不和睦，于是在长山被打得大败。到了十月，城中粮食吃完了而援军又毫无希望，守将祖大寿力量用尽出城投降，城池又一次被平毁。孙承宗又接连上疏称病辞职。孙承宗在家居住七年，朝廷内外多次请求征召任用他，没有回复。

崇祯十一年，大清兵深入内地。在十一月九日进攻高阳，孙承宗率领家族人抵抗。大清兵将要离开，围绕着城墙大声叫喊了三次，守城的人也回答了三次。说：“这是守城的人在嘲笑，按照法令应当攻破它。”又一次包围了高阳城。第二天攻陷，孙承宗被捉。望着朝廷叩头后，上吊自杀，终年七十六岁。